Emberá-Wounaan yhteisöt lähtivät jo 70-luvulla ajamaan itsehallinto-alueen ajatusta. Silloin haaveiltiin vielä siitä, että se saataisiin kattamaan kaikki Dariénin maakunnan yhteisöt.

Panaman autonomiset alueet mahdollistava paikallishallintolaki säädettiin jo vuonna 1983. Ennen embera-wounaan alueita Panamassa oli jo saanut lainvoiman ngobe-buglé- sekä kuna yala -intiaanien itsehallintoalueet (esp. comarcas), jotka toimivat intiaanien oman poliittisen järjestelmän periaatteiden pohjalta.

Useiden yleiskongressien ja 20 vuoden sitkeän painostuksen jälkeen asiat alkoivat edetä askel askeleelta. Vuonna 1993 alkoi Dariénin alueen intiaanialueiden kartoitus. Karttoihin merkattiin tarkkaan yhteisöjen paikat, metsästys-, viljely-,kalastus-, poltto- ja rakennuspuualueet sekä lääkeyrittien keruupaikat. Kartta valmistui 1994.

Lopulta Panaman hallitus taipui emberoiden vaatimuksiin, mutta vain osittain.Vuosi sitten Panaman parlamentissa hyväksytyn lain mukaan 86 yhteisöstä 40 jäi kahden muodostettavan maantieteellisesti erillisen hallintoalueen sisäpuolelle. Itsehallintoalueilla asuu nyt noin 13 000 emberá-, 3 000 wounaan-, 2 000 kuna- ja muutama sata guaymi-intiaania. Noin 40 prosenttia Dariénissa asuvista intiaaneista jäi kuitenkin alueen ulkopuolelle.

Laki ei rajoita yhteisöjen toimintaa millään tavoin, kunhan toiminta on vain Panaman perustuslain mukaista. Se antaa yhteisöille täydet vapaudet harjoittaa omaa uskontoaan ja muita perinteitä. Laissa korostetaan erikseen myös oman äidinkielen opettamisen merkitystä kulttuurin säilyttämisessä.

Lain henki on perustaltaan se, että intiaanien perinteiset hallinto-, oikeus- ja muut järjestelmät voisivat toimia sopusoinnussa Panaman perustuslain ja kansallisten instituutioiden kanssa. Epäselvää on vielä se, mitkä tehtävät kuuluvat kenellekin ja voiko yleiskongressi hakea suoraan esimerkiksi kaksikielisen koulutuksen järjestämiseen lainaa kansainvälisiltä rahoituslaitoksilta.

Emberoiden oman kielen säilyminen on uhattuna, sillä lapset oppivat koulussa kaiken espanjaksi.

Korkein päättävin elin on yleiskongressi (Congreso General), jossa äänivaltaa käyttää 1 500–2 000 yhteisöissä valittua edustajaa. Sen toimintaa johtaa päällikkö (Cacíque General). Molemmilla itsehallintoalueilla on aluekongressi (Congreso Regional) ja niiden toimintaa johtavat aluepäälliköt (Cacíque Regional).

Kyläyhteisöjen tasolla toimivat paikalliskongressit tai kyläneuvostot (Congreso Local), jonka toimintaa johtavat nokót, kylän puhemiehet. Nokójen alaisuudessa toimii oma kyläpoliisi, zarra.

Kongressissa toimii myös eri jaostoja, jotka pyrkivät ratkomaan esimerkiksi koulutuksen, terveydenhuollon ja maankäyttöön liittyviä ongelmia, mutta ilman varoja suunnitelmat makaavat tyhjän päällä. Käytännössä intiaaneille on kuitenkin annettu takeet siitä, että merkityt maat säilyvät heillä ja heillä itsellään niiden käytön suhteen täysi määräysvalta eikä alueelle voi tunkeutua ilman heidän edusmiestensä lupaa.

Monet alkuperäiskansat Latinalaisessa Amerikassa vasta haaveilevat näinkin pitkälle menevästä autonomiasta.

Panaman alkuperäiskansat lukuina

Ngobe-Buglé
160 000

Kuna Yala
60 000

Emberá-Wounan
40 000

Teribe
5 000

Bribri
2 000

+ muita pienempiä ryhmiä.

Yhteensä 270 000, noin 9 % väestöstä.